Research Interests
光学顕微鏡によるタンパク質動態の１分子観察や次世代シークエンサ関連の技術開発の経験を基に、バイオイメージング、シークエンシング、AI（機械学習）を組み合わせて生命科学研究へアプローチしています。１細胞解析用の技術を独自に開発しており、DNA分子バーコード法の開発により、高精度にRNAを定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq）を実現しています。また、細菌の種類を高精度で区別し、１細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。最近は、多細胞システム（細胞間相互作用、オルガノイド、組織など）の新しい理解へ向けた技術の開発も行っています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や医科学への貢献を目指しています。免疫関連の細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。
城口研究室（理研HP)
Project
・自動細胞観察分取ロボット（ALPS: Automated Live imaging and cell Picking System) の開発と応用計測
・バイオイメージング、シークエンシング、AI（機械学習）の融合
・新規細菌叢解析法の開発（BarBIQ)と応用計測
・免疫システムの研究
・オルガノイドの研究
・がんの研究
・DNA分子バーコード法の開発
・デジタルRNAシークエンシング
など
DECODE project に参画しています。